Sejarah asal muasal Desa seringkali tertuang dalam dongeng-dongeng yang diwariskan secara turun temurun dan disampaikan dari mulut ke mulut sehingga sulit dibuktikan kebenaran secara fakta.

Dongeng tentang asal muasal Desa Rahayu. Berawal dari masa pemerintahan majapahit untuk mempercepat proses pembangunan dan memperluas daerah kekuasaan diperintahkan seorang abdi dalem untuk mencari daerah yang cocok untuk pembuatan batu bata sebagai sarana pendukung pembangunan kerajaan.

Dengan berbekal pengabdian dan kesetiaan pada kerajaan akhirnya menemukan daerah yang cocok dan masih banyak ditumbuhi kekayuan. Abdi dalem bertemu dengan seorang penduduk yang sedang giat membersihkan lahan, dan akhirnya abdi dalem memutuskan untuk bergabung dengan penduduk dan saling membantu sambil mempersiapkan apa yang menjadi kebutuhan kerajaan.

Akhirnya yang menjadi maksud dan tujuan abdi dalem diketahui oleh masyarakat dan mendapat dukungan, salah satu tujuanya adalah pembuatan batu bata untuk pembangunan kerajaan.

Karena proses pembuatan batu bata tersebut butuh kayu  untuk pembakaran maka kekayuan yang ada di daerah tersebut ditebangi, setelah kayu terkumpul proses pembakaran batu bata dilaksanakan.  Keterampilan membuat batu bata saat itu adalah suatu yang baru bagi warga dan merupakan sumbangan yang luar biasa bagi pembangunan kerajaan. Lama kelamaan kekayuan tersebut habis untuk pembakaran dan akhirnya abdi dalem memberi nama daerah tersebut Kayunan sampai sekarang masih banyak peninggalan batu bata di Dusun Kayunan.

Pada zaman dahulu Desa Rahayu terbagi dua Desa yang terdiri dari Desa Kayunan dan Desa Gandu. Tiap Desa dipimpin oleh seorang Kepala Desa yang dibantu oleh Bayan, Kamituwo dan Jogoboyo.

Seiring dengan perkembangan zaman kedua Desa tersebut berubah menjadi satu Desa yaitu Desa Rahayu.

Adapun Desa Rahayu dibagi menjadi 2 Dusun, yaitu :

1. Dusun Kayunan
2. Dusun Nggandu

Pejabat Kepala desa Rahayu semenjak berdirinya Desa Rahayu adalah sebagai Berikut :

No	Nama	Masa Jabatan	Keterangan
1	TAMSIRAN	Periode tahun 0000 s/d 1963	Kepala Desa Pertama
2	YASMAN DJOJOHARDJO	Periode tahun 1963 s/d 1991	Kepala Desa Kedua
3	WINOTO	Periode tahun 1991 s/d 1999	Kepala Desa Ketiga
4	M. SHOLIKIN	Periode tahun 1999 s/d 2007	Kepala Desa Keempat
5	IMAM LUGHUZALI	Periode tahun 2007 s/d 2013	Kepala Desa Kelima
6	SUKISNO	Periode tahun 2013 s/d 2019	Kepala Desa Keenam
7	IMAM LUGHUZALI	Periode tahun 2019 s/d Sekarang	Kepala Desa Ketujuh